Леса в заповеднике — естественного природного происхождения, относятся к старовозрастным особо ценным лесам. Появились они после схода последнего ледника около 10 тысяч лет назад, поэтому возраст некоторых лесных массивов, не тронутых человеком, достигает нескольких тысяч лет.

В основном леса образованы тремя древесными породами со следующим распределением по площади:

• 30% — сосна Фриза,
• 46% — ель сибирская,
• 24% — берёза.

К ним в незначительном количестве добавляются рябина, серая ольха, козья и двуцветная ивы, а местами, небольшими группами, — осина.

Средний возраст деревьев 140 лет — сосны, 200 лет — ели,45 лет — берёзы. Средняя высота деревьев составляет 15 метров и 20-30 см в диаметре.

Основные типы леса:

• сосняк черничный,
• сосняк брусничный,
• ельник черничный.

Особое значение имеют редкий тип леса ельник лишайниковый.